Alternative workflow for COVID-19 diagnosis using direct RT-PCR screening

Objective: COVID-19 is presently the most serious public health concern and diagnosis is a principal tool for controlling and monitoring the spread of the disease. This study aimed to evaluate the efficiency of direct RT-PCR (dRT-PCR) for detection of SARS-CoV-2. Methods: Twenty-seven nasopharyngeal swabs from symptomatic individuals were evaluated. Standard RT-PCR was conducted, and for dRT-PCR the samples were preheated before amplification. Results: Positive agreement was 63.2% and negative agreement was 100%, being moderately in accord. Conclusion: dRT-PCR may be an alternative for screening symptomatic patients and a reliable option during an eventual shortage of viral RNA purification kits.

Objetivo: A COVID-19 é atualmente um sério problema de saúde pública e o diagnóstico é a principal ferramenta para controlar e monitorar a propagação da doença. Este estudo teve como objetivo avaliar a eficiência da RT-PCR direta (dRT-PCR) para detecção do SARS-CoV-2. Métodos: Vinte e sete amostras de swab nasofaríngeo de indivíduos sintomáticos foram avaliados. A RT-PCR padrão foi realizada e para a dRT-PCR as amostras foram pré-aquecidas antes da amplificação. Resultados: A concordância positiva foi de 63,2% e a concordância negativa foi de 100%, sendo moderadamente concordante. Conclusão: A dRT-PCR pode ser uma alternativa para a triagem de pacientes sintomáticos e uma opção confiável durante uma eventual escassez de kits de purificação de RNA viral.

Suscetibilidade antimicrobiana de Streptococcus agalactiae isolados de gestantes em um hospital materno infantil de Porto Alegre, Rio Grande do Sul / Antimicrobial susceptibility of Streptococcus agalactiae isolated from pregnant women at a maternity hospital in Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil

OBJETIVOS: Caracterizar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana de Streptococcus agalactiae isolados de gestantes atendidas em um hospital público. MÉTODOS: O estudo foi realizado em um hospital materno-infantil público de Porto Alegre, RS, no qual a pesquisa de S. agalactiae em gestantes faz parte da rotina obstétrica. Foram incluídas no estudo as pesquisas por swab anal/vaginal realizadas no período de julho de 2015 a fevereiro de 2016. Os isolados bacterianos foram identificados por testes fenotípicos e foi determinada a suscetibilidade aos antimicrobianos ampicilina, clindamicina, eritromicina e ofloxacino. Foram investigados também os genes de resistência à eritromicina ermB e mefA. RESULTADOS: No total, 294 coletas foram incluídas e destas, 26 (8%) foram positivas para S. agalactiae. Todos os isolados avaliados foram sensíveis à ampicilina e foram observadas resistências à eritromicina (21,4%), clindamicina (14,3%) e ofloxacino (7,1%), sendo que 66% dos isolados resistentes à eritromicina apresentaram o genótipo mefA. CONCLUSÕES: Os resultados deste estudo corroboram com o consenso de que em gestantes colonizadas com S. agalactiae é aconselhada a antibioticoprofilaxia intraparto com penicilina G ou ampicilina. A expressiva proporção de isolados resistentes à eritromicina e clindamicina, indicados para a antibioticoprofilaxia intraparto em caso de alergia aos antibióticos beta-lactâmicos, enfatiza a importância da determinação do perfil de suscetibilidade antimicrobiana prévia desses isolados, medida que ainda não faz parte da rotina de exames pré-natais em muitas instituições.

AIMS: To characterize the antimicrobial susceptibility profile of Streptococcus agalactiae isolated from pregnant women attended at a public hospital. METHODS: The study was carried out in a public maternal and child hospital in Porto Alegre, RS, Brazil, in which the screening for S. agalactiae in pregnant women is part of the obstetrics routine. The study was carried out on anal/vaginal swab tests performed from July 2015 to February 2016. Bacterial isolates were identified by phenotypic tests, and the susceptibility to ampicillin, clindamycin, erythromycin and ofloxacin was determined. The erythromycin resistance genes ermB and mefA were also investigated. RESULTS: A total of 294 samples were included, and of these, 26 (8%) were positive for S. agalactiae. All isolates were susceptible to ampicillin, and resistance to erythromycin (21.4%), clindamycin (14.3%) and ofloxacin (7.1%) were observed. The mefA genotype was observed in 66% of the erythromycin resistant isolates. CONCLUSIONS: Results of this study corroborate the consensus that in pregnant women colonized with S. agalactiae, intrapartum antibiotic prophylaxis with penicillin G or ampicillin is indicated. The relevant proportion of isolates resistant to erythromycin and clindamycin, indicated for intrapartum antibiotic prophylaxis in case of allergy to beta-lactam antibiotics, emphasizes the importance of determining the profile of antimicrobial susceptibility of these isolates, a measure that is not yet part of routine prenatal tests in many institutions.